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Folgendes Schema zeigt den Verlauf des Nidlenlochs in der Sequankalkschicht (Nord-Südschnitt).
Geologisches Profil nach A. Buxtorf (vereinfacht)
1. Molasse (Tertiär)
2. Sequan-, Kimmeridge- und Portlandkalke (Ob. Malm)
3. Effingerschichten, vor allem Mergel (Unt. Malm)
4. Hauptrogenstein (Dogger)
5. Ältere Gesteine